Naast de bekostiging voor de uitvoering van de schoolprogramma’s was er in het kader van het NP Onderwijs sprake van vier relevante subsidieregelingen. De subsidieregeling Inhaal- en ondersteuningsprogramma’s (IOP) en de subsidieregeling Extra hulp voor de klas zijn in 2021 herhaald, maar de inschrijfperiodes zijn inmiddels gesloten. Ook het 2e tijdvak voor de subsidie voor het inrichten van brede brugklassen is inmiddels gesloten. Voor de subsidie voor het uitvoeren van een capaciteitentoets bij leerlingen in de onderbouw van het vo opent in het najaar van 2022 een nieuw tijdvak.
Subsidieregelingen kennen specifieke doelen en een aparte aanvraag- en verantwoordingsprocedure, waarvoor scholen die van de regelingen gebruik willen maken een aanvraag moeten indienen. Deze regelingen zijn weliswaar inhoudelijk onderdeel van het NP Onderwijs, maar alleen scholen die een aanvraag doen, komen in aanmerking voor deze middelen (in tegenstelling tot de extra bekostiging in het kader van het NP Onderwijs, die verdeeld wordt onder alle scholen).