Scholen hoeven de schoolscan en het schoolprogramma niet naar het ministerie van OCW, DUO of de Inspectie te sturen. Wel vraagt het ministerie van OCW van scholen om aan het begin van het nieuwe schooljaar een aantal vragen over de scan en het schoolprogramma te beantwoorden. Ook informeren scholen de gemeente over de schoolscan en het schoolprogramma. Aan het eind van het jaar leggen schoolbesturen verantwoording af in het jaarverslag.
Met het NP Onderwijs komt een ongekend extra bedrag beschikbaar voor het onderwijs. Scholen hebben veel vrijheid bij de besteding van die middelen, omdat de overheid erop vertrouwt dat scholen zelf het beste in staat zijn om keuzes te maken die bij hun situatie passen.